Zwischen Venedig, Wien und Pest
Während des Großen (Wiener) Türkenkrieges (1683-1699) wurden große Teile Kroatiens und Slawoniens von der osmanischen Herrschaft befreit und die Grenzen der Republik Dubrovnik endgültig definiert. An diesem Krieg beteiligte sich auch die Venezianische Republik, die ihre Machtpositionen in Dalmatien festigte.
Im Laufe des 18. Jahrhunderts war Kroatien zwischen der Herrschaft der Habsburgischen Monarchie und der Republik Venedig aufgeteilt. Darüber hinaus waren Kroatien und das zu den habsburgischen Ländern gehörende Slawonien in die Banschaft Kroatien und die Militärgrenze (Vojna Krajina) unterteilt. Die Banschaft Kroatien war verwaltungspolitisch dem ungarischen Teil der Monarchie unterstellt, und die Militärgenze stand unter direkter administrativer Verwaltung Wiens. Die Gebiete unter der venezianischen Herrschaft waren in die Provinzen Dalmatien und Istrien eingeteilt.
Die Pragmatische Sanktion ist ein 1712 vom Kroatischen Sabor verabschiedeter Gesetzesartikel, durch den anerkannt wird, dass das Erbfolgerecht der Habsburgischen Dynastie auf eine weibliche Person (Maria Theresia) übertragen werden kann. Seit Mitte des 19. Jahrhunderts wurde die Pragmatische Sanktion in den bedeutendsten Rechtsakten kroatischer Institutionen der Staatsgewalt als ein Bestandteil des kroatischen Staatsrechtes hervorgehoben.
Während der Eroberungszüge Napoleons Anfang des 19. Jahrhunderts wurden für einen kurzen Zeitraum einige kroatische Länder im Rahmen der Illyrischen Provinzen wiedervereinigt. Zeitgleich verschwanden die Republik Venedig und die Republik Dubrovnik. Die Franzosen waren bemüht, sowohl die wirtschaftliche als auch die kulturelle Situation zu verbessern und begannen mit der Modernisierung der Verwaltung und des Schulwesens, und letztlich erreichten so die revolutionären Ideen Kroatien zumindest zu einem gewissen Grad.
Das Fehlen der territorialen Integrität sorgte auch weiterhin für unablässige Unzufriedenheit. Aus diesem Grunde entwickelte sich in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts eine nationale, politische und kulturelle Bewegung, bekannt unter dem Namen Kroatische Nationale Wiedergeburt oder Illyrische Bewegung. Die wichtigsten Träger dieser Bewegung kamen aus der Schicht des neu entstandenen Bürgertums, ihr bedeutendster Vertreter hieß Ljudevit Gaj (1809 – 1872). Hinsichtlich Kultur bezog sich das Programm auf die Schaffung einer einheitlichen Rechtschreibung und auf die Einführung einer gemeinsamen Literatursprache. In Bezug auf die Politik verlangte man die Vereinigung Kroatiens, Slawoniens, Dalmatiens, Rijekas, der Militärgrenze, wie auch Bosniens und der slowenischen Länder zu einem Staat, der in Gemeinschaft mit Ungarn einen Bestandteil der Habsburgischen Monarchie bilden solltte.
Der Kroatisch-Ungarische Ausgleich. Durch diesen Rechtsakt regelten das Königreich Kroatien und Slawonien und Ungarn ihre gegenseitigen staatsrechtlichen Beziehungen. Mit Abschluss des Ausgleichs wurde das kroatische Volk politisch anerkannt. Dem kroatischen Volk wurden, neben einer grundsätzlichen Anerkennung seines Territoriums (mit Ausnahme von Rijeka), eine eigenständige regionale Verwaltung überlassen sowie ein eigenes Gerichts- und Schulwesen mitsamt Religionsunterricht als autonome Angelegenheiten und Kroatisch als Amtssprache zugesprochen. Jedoch verlor das Königreich Kroatien und Slawonien dadurch seine finanzielle Selbstständigkeit, und der Ban wurde dem Präsidenten der Ungarischen Regierung unterstellt.
Die Politik der Nationalen Wiedergeburt kam in Kroatien besonders stark während der Revolution 1848/1849 zum Ausdruck. Die Ernennung zum Ban erhielt Josip Jelačić, der zudem zum Kommandanten der Militärgrenze und zum Statthalter von Rijeka und Dalmatien ernannt wurde. Während seiner Herrschaft als Ban wurden nach mehreren Jahrhunderten die meisten kroatischen Länder wiedervereinigt.
Die Vereinigung war aber nur vorübergehend. Schon im Jahr 1849 wurde nämlich von Wien ein absolutistisches Regime eingeführt, durch welches die kroatische Autonomie eingeengt wurde. Obwohl der Absolutismus im Jahr 1866 abgeschafft wurde, schloss Wien im Jahr 1867, anstatt die kroatische Autonomie wiederherzustellen, mit Pest den Österreichisch-Ungarischen Ausgleich ab. Durch diesen Ausgleich wurden, entgegen den kroatischen Interessen, Istrien und Dalmatien der österreichischen Reichshälfte angeschlossen und Kroatien dem ungarischen Teil der neu gegründeten Doppelmonarchie Österreich-Ungarn unterstellt. Unter solchen Gegebenheiten wurde 1868 auch der Kroatisch-Ungarische Ausgleich abgeschlossen, durch den zwar eine erweiterte Autonomie des Königreichs Kroatien und Slawonien eingeräumt, dessen Vereinigung mit Dalmatien im Rahmen der Doppelmonarchie jedoch nicht gewährt wurde. Es wurde deshalb nach anderen Lösungen gesucht, insbesondere nachdem Bosnien und Herzegowina im Jahr 1878 von Österreich-Ungarn besetzt worden war.
Für einen Zusammenschluss der Südslawen setzten sich Bischof Josip Juraj Strossmayer und der Historiker Franjo Rački ein, während Ante Starčević und Eugen Kvaternik für die Unabhängigkeit Kroatiens eintraten. Eugen Kvaternik versuchte im Jahr 1871 einen bewaffneten Aufstand zu erheben, mit dem Ziel einer Loslösung Kroatiens von der Monarchie Österreich-Ungarn.
Es entstanden auch die ersten serbischen Parteien, die zunächst eng mit den regierenden ungarischen Kreisen und später mit dem Königreich Serbien zusammenarbeiteten. Kurz vor und während des Ersten Weltkriegs kamen zwei Konzeptionen stark zum Ausdruck, die sich mit der Idee der Vereinigung zu einem südslawischen Staat auseinandersetzten. Die kroatischen Politiker, allen voran Frano Supilo und Ante Trumbić, die als Emigranten politisch aktiv waren, setzten sich für eine Föderation gleichberechtigter Völker ein, in der die kroatische Eigenstaatlichkeit gewährt werden sollte. Unterdessen unternahm die serbische Regierung Versuche, den Krieg zur Schaffung eines Großserbiens, das neben Bosnien und Herzegowina auch große Teile Kroatiens umfassen sollte, oder zur Errichtung eines gemeinsamen Staates mit serbischer Hegemonie auszunutzen.
Während des Ersten Weltkrieges (1914 – 1918) war Kroatien nicht direkt in die Kampfhandlungen verwickelt, aber die Soldaten aus kroatischen Ländern kämpften zuhauf in österreichisch-ungarischen Militärtruppen an der Balkanfront, an der Ostfront und an der italienischen Front (es wird geschätzt, dass mehr als 137.000 Menschen dabei ums Leben kamen). So befand sich Kroatien am Kriegsende an der Seite der besiegten Mächte und wurde mit den territorialen Ansprüchen Italiens und Serbiens konfrontiert, die im Krieg zu den Verbündeten der Siegermächte gehörten. Der Kroatische Sabor brach am 29. Oktober 1918 alle staatsrechtlichen Beziehungen zu Österreich-Ungarn ab, erklärte die Unabhängigkeit Kroatiens und beschloss, dem Staat der Slowenen, Kroaten und Serben beizutreten. Da der neue Staat aber nicht international anerkannt wurde, ging, ungünstige Bedingungen in Kauf nehmend, er am 1. Dezember 1918 die staatliche Vereinigung mit dem Königreich Serbien und dem Königreich Montenegro ein.