根据欧洲标准，克罗地亚高等教育系统采用了博洛尼亚进程的最佳特点，为欧洲科学和科学家一体化做出了贡献。现代克罗地亚的教育和科学体系可追溯到1396年，当时第一所大学在扎达尔成立，而当今最大的大学——萨格勒布大学，成立于1669年。在克罗地亚科学家和发明家中，鲁杰尔·博斯科维奇（Ruđer Bošković，1711–1787年）和尼古拉·特斯拉（1856–1943年）对国际科学的贡献尤为突出。鲁杰尔·博斯科维奇是耶稣会士、数学家、天文学家、哲学家、外交家和诗人。他以原子学理论而著称，是他那个时代最著名的物理学家之一，月球上的一个陨石坑以他的名字命名。如果没有发明家尼古拉·特斯拉、现代电能传输系统是不可想象的。他在尼亚加拉大瀑布创建了第一座水力发电厂，并发明了我们今天几乎在所有家用电器中的电动机。现在日常生活中的其它发明，如领带、降落伞、固体墨水钢笔、飞艇、MP3播放器和指纹识别技术，都是克罗地亚的创新发明。这种卓越的科学成就在诺贝尔奖中得到了最高体现，两位克罗地亚化学家，拉沃斯拉夫·鲁日奇卡（Lavoslav Ružička，1939年）和弗拉迪米尔·普雷洛格（Vladimir Prelog，1975年）曾获此殊荣。